Align GreenlandLINEli.pdb 1156 with HumanLINE1ORF2.pdb 1275
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Block  1 afp  2 score 44.41 rmsd  1.88 gap 0 (0.00%)
Block  2 afp  5 score 104.76 rmsd  2.97 gap 8 (0.17%)
Block  3 afp 50 score 1018.72 rmsd  7.32 gap 54 (0.12%)
Block  4 afp 22 score 287.71 rmsd 14.34 gap 103 (0.37%)
Block  5 afp 13 score 178.59 rmsd  9.30 gap 75 (0.42%)

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:    1 MKSLYISTWNIQGLRSSVREVKSRTPEFIEETKDLDIIILQETWYKGK-GHTGRPQGYT-ELVVPSNKLP
              111111111111111   111111111111111111111111111111 1111111111 1111111   
Chain 2:    5 NSHITILTLNVNGLN---SPIKRHRLASWIKSQDPSVCCIQETHLTCRDTHRLKIKGWRKIYQANGK---

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:   69 SVTQGRDSGGILIWFKTELKNYIKFIKKGE--NHMWLKLEREIISNTQDVYICALYIPPIDSPYFKEDTF
                   1111111111111111111111111  111111111111    111111111111    111111
Chain 2:   69 -----QKKAGVAILVSDKTDFKPTKIKRDKEGHYIMVKGSIQQE----ELTILNIYAPNT----GAPRFI

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  137 SNMEGEIIQYQAQGNVLICGDLNSRTGEEPDFTNNQGNNYVFGNNHFDIPSLPYRHNCDKQSNTNGKQLL
              11111111111 11111111111111111                         1111111111111111
Chain 2:  126 KQVLSDLQRDL-DSHTLIMGDFNTPLSIL-------------------------DRSTRQKVNKDTQELN

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  207 QLCRNLGLYIVNGRFIGDLLGRSTYCSP--LGCSTVDYMITDLD-PSSFRAFTVKPQTTLSDHSQITMFL
              1111111111111111 11111111111  11111111111111 11111111111 1111111111111
Chain 2:  170 SALHQTDLIDIYRTLH-PKSTEYTFFSAPHHTYSKIDHIVGSKALLSKCKRTEIIT-NYLSDHSAIKLEL

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  274 KKTETNNIETQPSKLYNTKKSYRWAKNDTEKYQKTISNASTQALLDTFLDNIYT---HNKEGVNRAVSKL
              11 222222222222222222         33333333  33333333333333   3333333333333
Chain 2:  238 RI-KNLTQSRSTTWKLNNLLL---------NDYWVHNE--MKAEIKMFFETNENKDTTYQNLWDAFKAVC

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  341 NNIFDNLATNANLKARKNKPKTKNYEKWFDRDCHNMRKKLRKISNQKHRHPENEELRLTYCQTLTQYRNT
              333333333333                  4   4                                 44
Chain 2:  296 RGKFIALNAYKRKQERSK------------IDTLTSQLKELEKQEQTHSKASRRQEITKIRAELKEIETQ

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  411 LRTKKEQFIKNTLSSMEESIESNCFWDNLKTLHKKQHDDL-----------SIQNGDTWVNHFEKLYQKN
               444444444444444444444 44444444444444444           4444444444444444444
Chain 2:  354 KTLQKINESRSWFFERINKIDR-PLARLIKKKREKNQIDTIKNDKGDITTDPTEIQTTIREYYKHLYANK

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  470 TLRPEQHQICKKLEKLEMAIKDNQNPLDSIITEKELFEKLKDLRPGKACGTDGILNEMIKHTDNKMKLAI
              4444444444444  4444444444444444444444444444444444444444444444444444444
Chain 2:  423 LENLEEMDTFLDTYTLPRLNQEEVESLNRPITGSEIVAIINSLPTKKSPGPDGFTAEFYQRYKEELVPFL

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  540 LKLFNLVLSVGYFPDIWNKGLITPIYKS-GDKIDPNNYRGICVNSNLGKVFCSIINKRLINFLEEHNVLS
              4444444444444444444444444444 44444444444444444444444444444444444  4444
Chain 2:  493 LKLFQSIEKEGILPNSFYEASIILIPKPGRDTTKKENFRPISLMNIDAKILNKILANRIQQHIK--KLIH

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  609 KSQIGFLPNYRTSDHIFTLQTLIDKHVHHNKSKIYACFVDFQKAFDSIWHDGLFLKLIESGVGGKTYDVI
              4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
Chain 2:  561 HDQVGFIPGMQGWFNIRKSINVIQHINRAKDKNHVIISIDAEKAFDKIQQPFMLKTLNKLGIDGMYLKII

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  679 KSMYTNNKCAVKIGDKQTKYFPQGRGVTQGSPISPTLFNIYINGLAKLLEQST-APGLTLYESKVKFLLY
              44444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444444444444444
Chain 2:  631 RAIYDKPTANIILNGQKLEAFPLKTGTRQGCPLSPLLFNIVLEVLARAIRQEKEIKGIQLGKEEVKLSLF

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  748 ADDLVLLSPTKE-GLQQNLDLLESYCQTWALTINPQKTKVLVFQQRSKHQGPKINFTVGTTKIEQTTNYT
              444444444444 44444444444444444444444444444444  4444444 555555555555555
Chain 2:  701 ADDMIVYLENPIVSAQNLLKLISNFSKVSGYKINVQKSQAFLYNN--NRQTESQ-IMGELPFTIASKRIK

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  817 YLGLKISSTGN--FHLAVNELKEKARRAFYAIKKSIQIEIPISIWLKIFKSVIEPIALYGSEVWGPLTQQ
              55555555555  55555555555555555555555   5555555555555555555555555555   
Chain 2:  768 YLGIQLTRDVKDLFKENYKPLLKEIKEDTNKWKNIP---CSWVGRINIVKMAILPKVIYRFNAIPIK---

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  885 EFAKWDKHPIEILHAEFCKSILRTQRKTVNNACRA------ELGQYPLIITIQKRATKFWKHLKMSNPHC
              555    5555555555555555555555555555      55555555555555555555555555555
Chain 2:  832 LPM----TFFTELEKTTLKFIWNQKRARIAKSILSQKNKAGGITLPDFKLYYKATVTKTAWYWYQNRDID

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  949 YHYEALKCQER------------------TIKKNTLSQLVLGLSEVTTNTTNN-----------------
              55555555555                  555555555555555555555555                 
Chain 2:  898 QWNRTEPSEIMPHIYNYLIFDKPEKNKQWGKDSLLNKWCWENWLAICRKLKLDPFLTPYTKINSRWIKDL

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  984 -------------------------------------------------------NQP--QDSDSVTQRI
                                                                     555  5555555 55
Chain 2:  968 NVKPKTIKTLEENLGITIQDIGVGKDFMSKTPKAMATKDKIDKWDLIKLKSFCTAKETTIRVNRQPTTWE

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1:  997 RPNTIVAKQKEKYLTYWAETTKTQSK--LNCYLAL-----------NRQYNIADYLTMVKDNKLRRTLTR
              5555                        666666            666666666666666666666666
Chain 2: 1038 KIFATYSSDKGLISRIYNELKQIYKKKTNNPIKKWAKDMNRHFSKEDIYAAKKHMKKCSSSLAIREMQIK

                  .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1: 1054 YRLSEHSLAIEKGRHRQTRLPREDRICSHCSQGVVETEMHFLTACGKYQGIRENFYQKFSQICPEFRNLN
              6666666666666  666 6   666666 66666666666666666666666666666666 6666   
Chain 2: 1108 TTMRYHLTPVRMAI-IKKSG---NNRCWR-GCGEIGTLVHCWWDCKLVQPLWKSVWRFLRDLELEIP---

                  .    :    .    :    .    :    .    :
Chain 1: 1124 DNQKLPFL--LGE---------ERSCVTLAAHYVTACHEQRDNQ
                666666  666         66666666666666666666 6
Chain 2: 1170 --FDPAIPLLGIYPKDYKSCCYKDTCTRMFIAALFTIAKTWNQP

Note: positions are from PDB; the numbers between alignments are block index

